L'histoire d'un assassin génétiquement modifié pour être la parfaite machine à tuer. Sa dernière cible est une multinationale dont l'objectif est d'obtenir le secret du passé d'Agent 47 pour créer une armée de tueurs dont les pouvoirs surpasseront même les siens. Faisant équipe avec une jeune femme qui détient peut-être un secret permettant d'affronter leurs puissants ennemis clandestins, 47 fait face à des révélations étonnantes concernant ses origines et se prépare à se battre avec son adversaire le plus redoutable.